یکی از اقدامات نوآورانه شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی، تشکیل کارگروه‌های تخصصی است. کارگروه‌های تخصصی، کانون‌هایی برای گردهم‌آیی کارشناسان و متخصصان یکی از حوزه‌های آزمایشگاهی و یا یک خانواده از تجهیزات آزمایشگاهی هستند که از این طریق، تجربیات و دانش خود را در قالب نشست‌های تخصصی، دوره‌های آموزشی، انتشار مقاله و یا کتب تخصصی، با دیگران به اشتراک می‌گذارند.   در حال حاضر هم 9 کارگروه‌های تخصصی و یک کارگروه فنی در شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی فعالیت دارند. کارگروه تخصصی آنالیز حرارتی، آنالیز سطح، آنالیز عنصری، …